青色申告制度では、一定の要件を満たせば、税制上の優遇措置を受けることができます。白色申告と比べた青色申告の税制上の優遇措置は次のとおりです。
資本金が1,000万円未満の場合、原則として設立後2期目の消費税は免税になります。ただし、場合によっては課税の適用を受けたほうがよいこともあります。たとえば、1期目から多額の設備投資をして、「売り上げで受け取る消費税よりも、支払い時の消費税のほうが多い」時などです。
この場合、「消費税課税事業者選択届出書」を提出して課税の適用を受けて、消費税の還付を受けたほうがよいでしょう。